한국교회교단장협의회가 지난 5월 21일 한국교회100주년기념관에서 ‘세월호 참사 희생자 유가족 위로와 대한민국 회복을 위한 금식기도회’를 드렸다. 1000여 명의 목사가 참여한 이번 금식기도회에서는 결의문을 통해 한국교회가 정의로운 세상을 만드는 데 책임을 다하지 못한 점
을 인정하고, 하나님의 공의와 정의를 실천하기로 다짐했다. 또한 유병언특별법을 포함한 세월호특별법 제정을 촉구하고, 사이비이단규제법 제정을 위한 1000만 명 서명운동을 펼치기로 결의했다. 이날 결의문은 기감, 기성, 기하성(여의도), 기침, 예장고신, 예장대신, 예장백석, 예장통합, 예장합동 등 9개 교단장이 참여했다. 한편 한국교회교단장협의회는 6월 9일 세월호 참사 진상규명을 위한 특별법 제정을 촉구하는 서한을 정치권에 전달했다.