이단들이 학생인권조례를 이용하여 고소고발을 하고 있어 이단에 대처하는 기독교학교 사역자들이 어려움을 호소하고 있다. 지난 7월 기독교학교교육 세미나에서 정의여자고등학교 교목 김경원 목사는 교내 예배에서 이단을 경계하는 설교를 했다가 학생인권유린과 종교차별혐의로 소송협박을 받았다고 밝혔다. 학생인권조례 제16조에 있는 ‘특정 종교를 비방하거나 선전하여 학생에게 종교적 편견을 일으키는 행위’에 포함된다는 이유다. 최근 기독교학교연맹 교목협의회와 기독교학교연합회 교목협의회는 결의문을 통해 “기독교이단들이 학생인권조례 16조를 악용해 학교에서 이단경계설교를 못하게 하고 인권위원회와 교육청에 진정서와 민원을 제기하겠다고 협박하고 있다”고 밝혔다.