두레교회 담임 이문장 목사의 이단성을 두고 논란이 일고 있다. 두레교회바로세우기협의회는 예장통합 이단사이비대책위원회(이대위)의 연구보고서를 근거로, 이문장 목사의 사퇴를 요구했다. 통합 측 이대위는 연구보고서에서 “(이문장 목사는) 이단적 성향을 가지고 있다고 사료된다”고 결론을 내렸다. 하지만 이문장 목사는 「뉴스앤조이」를 통해 “더 다양한 자료를 활용해 주었으면 하는 아쉬움이 있다”며 “설교의 전체적인 맥락을 고려하지 않으면 일부 표현상 공연히 오해할 여지도 있을 수 있다고 사료”된다고 답했다. 예장통합 측에서는 이문장 목사가 한국교회에 사과하고 재발을 방지해야 한다는 공문을 노회에 보냈다. 한편, 두레교회는 이 공문이 사과와 약속이라는 조치가 핵심이므로 이단 으로 확정됐다는 음해에 휘둘리지 않길 바란다고 밝혔다.