홍재철 대표회장 시절의 한국기독교총연합회(한기총)는 이단연구가와 신학교수 등을 상대로 10억 원의 손해배상 청구 소송을 제기했었다. 하지만 지난 9월 5일 서울중앙지방법원(서울지법)은 “피신청인이 신청인들에게 상환하여야 할 소송비용액은 각 금 3,077,004원임을 확정한다”는 판결을 내렸다. 한기총은 2013년 1월 14일 다락방 이단해제를 결의했었다. 한기총의 결의에 2013년 6월 12일 전국 신학대학교 교수들이“한기총은 다락방 이단해제 취소하라”며 성명서를 제출했다. 이에 한기총이 2013년 8월 1일 ‘다락방 이단해제 취소 성명서’는 ‘업무방해’라며 성명서 동참 교수들을 상대로 10억 원의 손해배상을 청구했다.「교회와신앙」에 따르면 한기총은 1심(서울지법)에서 패했고, 2심(서울고법)에 항소했다가 취하해 1심 판결이 확정되었다. 1심은 원고(한기총)의 청구를 모두 기각하고 소송비용도 원고의 부담으로 했다. 피고였던 이단연구가들 4명이 한기총을 상대로 변호사비용 등 소송비용의 상환을 청구했고, 법원은 각 307만 7004원으로 확정한 것이다. 4명분을 합산하면 1230만 8016원이다. 한편 한기총 이영훈 대표회장은 전 대표회장 홍재철 목사를 제명시켰다.