최근 소수종교(이단 · 사이비)의 물의가 불거지면서 군대 내에도 소수종교 대책위원회(이대위)가 조직된다. 한국기독교군선교연합회(이사장 곽선희 목사, 군선교연합회)는 지난 4월 24일 CCMM 빌딩 11층 국제회의실에서 85차 한국교회 군선교 정책회의를 갖고 이 같은 사항을 결의했다.

군내 이대위는 10개 교단에서 이단과 사이비의 침투 차단과 더불어 침투시 신속히 대응할 수 있도록 구성된다. 이를 위해 교단별로 전문위원 한 명씩을 파송, MEAK(MLIITARY EVANGELICAL ASSOCIATION OF KOREA, 군선교연합회) 법인 차원에서 이단 · 사이비 대책위원회 전문위원으로 공식 위촉하게 된다. 현재 군내의 이단규정은 군목 파송 10개 교단 중에서 1개 교단이라도 결의하면 이단으로 인정하도록 결의되어 있다.

군인 교회를 영적 청정 지역으로 유지할 목적으로 군내 이대위 조직을 결의한 군선교연합회의 행보가 주목된다.